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电子显微镜

高性能计算机集群

发布者:中国科学院生物物理研究所蛋白质科学研究平台 时间:2016年09月04日

高性能计算机集群

高性能计算机集群

型号:

浪潮TS10K

购入(安装)时间:

2010 年10月

高性能计算机集群
高性能计算机集群

7号楼新增万兆网

高性能计算机集群


曙光ParaStot-200


主要性能和指标:

该集群共有1300个CPU核,400TB 的存储容量,总计算能力约为 14万亿次每秒,具体包括:管理节点2个,用户登录节点和数据处理各1个,它们都有8 个CPU核,16G内存; 80个常规瘦节点和20个内部高速互联瘦节点,这些瘦节点都有12 个CPU核,36G内存;1个厚节点(48个CPU核,256G内存);4个GPU节点,每个节点都 有8个CPU核,896个CUDA核,96GB内存;有并行和NFS两种文件系统,前者为曙光 Parastor-200,存储容量为360TB,后者包括几个小规模磁盘阵列,总容量为60TB;主干 计算网络为万兆Ethernet,管理网络为千兆Ethernet;操作系统为Linux (64位的 RHEL6.4), 作业调度系统为TSJM V1.0。


主要功能和服务范围:

透射电镜的数据收集、数据初步处理、三维重构,质谱原始数据的处理,晶体结构解析,分子动力学,分子建模,结构预测,以及其他生物信息学相关的大规模计算等等。

CBI现在每天能产生T数量级的数据,要及时有效地处理(包括分析,储存,拷贝转移等)这大量的数据,7号楼原有的千兆以太网络已无法胜任。为此,我们今年新添置了一套万兆(光纤)网络系统。有了这套系统,CBI数据系统的主要设备(即: 3个存储服务器emdata1, emdata2, emdata3; 1个数据库服务器; 3个图像工作站blue, red, yellow等)之间的数据传递带宽可达9Gb/s以上,网速不再成为数据传输的瓶颈。我们还将它和研究所原有的光纤网络联通,使CBI数据系统和9号楼HPC的数据传输速度比原来(所内以太网)提高了8倍。

新增了存储(并行文件系统)一套,型号为“曙光ParaStot-200”,可用容量为340T,用作为高性能计算机集群TS10K的主文件系统。


系统的主要特点有:

非对称多集群架构设计,能够确保整个系统在任何组件失效时,都能够保持业务的连续性和用户的正常数据访问。
高效数据容错重构算法以及基于真实数据的分布式恢复机制,使得系统数据恢复速度能够超过传统Raid机制5倍,可靠性成倍上升。
条带化技术将I/O操作均匀分布到多个数据控制器,为数据提供了多个并行传输通道,并行化的I/O有效地提高了存储系统的读写带宽和IOPS,从而实现最高达数百GB/s的吞吐量。
系统聚合IO带宽随系统容量的增加呈线性增长,可满足由于用户应用规模的不断增长而带来的容量和性能的需求。
提供了基于WEB的图形化监控管理界面,提供系统配置管理、监控告警等功能,直观易懂的图形化界面方便用户实时监控系统的状态,简化了安装和维护过程,提高了管理效率。

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